В 1574 году, в праздник святой Троицы, прибыли на стругах московские стрельцы Ивана Нагого, чтобы возвести Уфимский кремль-"детинец". Остановились они в устье реки Сутолоки.

Как и положено православным, в первую очередь, построили они деревянную церковь. Назвали ее Казанской, во имя Казанской Божьей матери.

В 1581-1584 годах на ее месте стояла каменная Смоленская церковь. Она была возведена смоленскими служивыми дворянами, посланными в Уфу во времена Алексея Михайловича. Это смоляне доставили в храм копию с чудотворной иконы Смоленской Божией матери.

Автор книги "Старая Уфа" кандидат наук И.Нигматуллина считает, что храм создавался под руководством архитектора псковской школы зодчества постника Яковлева. Яковлев прославился многими великолепными работами, и даже, по слухам, участвовал в строительстве храма Василия Блаженного в Москве. Он побывал в Италии, славившейся своими церквями и храмами на весь мир, и научился там искусству сооружения голосников, увеличивающих акустику внутри церкви. Были они и в каменных стенах Смоленского собора.

По описанию историков и краеведов И.Нигматуллиной, О.Васильевой, В.Латыповой, можно судить о первоначальном виде собора. Красивый шатровый купол, крытый красной черепицей, венчало пятиглавие, на самом же верху маковок кресты попирали полумесяцы - в честь победы Руси над татаро-монголами. Площадь, которую занимал храм, равнялась 285 квадратным метрам, толщина восточной и западной стен - полтора метра, а северной и южной - 1,3 метра. Стены были покрыты замкнутым зеркальным сводом. Иконостас - четырехъярусный и без украшений - делал художник Захарьин, "человек жизни строгой и воздержанной". Очень ценными были Царские врата из цельного дуба со старинной резьбой в готическом стиле. Икона Смоленской Божьей матери - реликвия собора, привезенная смоленскими дворянами, была украшена богатой ризой.

В таком виде Смоленский храм простоял до 1759 года. В Уфе случился пожар. В 1762 году храм восстановили.

16 сентября 1824 года храм посетил приехавший в Уфу император Александр I, он сказал, что расширяющемуся городу нужен более вместительный собор.

В 1824 году в Уфе появляется Воскресенский собор. Смоленский храм теряет свое первостепенное значение, становится приходской церковью и получает название Троицкой.

Судьба Троицкой церкви после 1917 года была трагической. 14 апреля 1933 года церковь была закрыта, разрушалась, вид у нее был плачевный. 3 декабря 1955 года было решено взорвать памятник духовной и материальной культуры. Взрывать церковь стали 2 июня 1956 года.

Взрыв прогремел на всю страну. Это событие стало поводом для создания Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры.